Dengan demikian UIN Syarif Hidayatullah Jakarta secara tidak langsung sudah mendapat pengakuan secara nasional dan internatsional. Pengakuan ini menjadi modal dasar membangun menuju internasionalisasi dan globalisasi dalam kerangka universitas riset yang unggul dan kompetitif (Leading Towards Research University).
Langkah untuk mengintegrasikan ilmu agama dan ilmu umum juga mendasari pendirian Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan (FKIK) di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta pada tahun akademik 2004/2005.
Pendirian FKIK berdasarkana Surat Keputusan Menteri Agama SK No.MA/25/2004 dan surat Dirjen Pendidikan Tinggi (Dirjen Dikti) Departemen Pendidikan Nasional No. 995/D/6/2004.
Berdasarkan hal tersebut di atas maka pada Tahun akademik 2004/2005 UIN Jakarta membuka Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan dengan Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat berdasarkan izin operasional Dirjen Dikti No. 1338/D/P/2004 tanggal 12 April 2004 dan Program Studi Farmasi dengan izin operasional No 138/D2.2/2004 tanggal 6 Agustus 2004 dan Surat Keputusan Dirjen Bagais Depag No. Dj.11/274/2004 tanggal 8 Agustus 2004.
Sedangkan untuk program studi Pendididkan Dokter dan Program Studi Keperawatan dibuka pada tahun akademik 2005/2006 berdasarkan izin operasional Dirjrn Dikti no.1356/D/T/2005 tanggal 10 Mei 2005 dan Surat Keputusan Dirjen Bagais Nomor:Dj.II/123/2005 tanggal 17 Mei 2005.
Pendirian FKIK ini bekerjasama dengan FK UI sebagai Fakultas Pembina.Sebelumnya juga UIN Syarif Hidayatullah Jakarta telah mengadakan kerjasama untuk mendukung pendirian FKIK dengan berbagai pihak,di antaranya dengan sejumlah rumah sakit di wilayah Jakarta dan Tangerang sebagai tempat praktek bagi mahasiswa.
Komitmen UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menjadi Universitas Riset ini adalah untuk menghasilkan penemuan-penemuan baru di bidang ilmu pengetahuan, baik dalam ilmu-ilmu agama maupun ilmu-ilmu umum, dengan menempatkan kemampuan meneliti sebagai kualifikasi utama dalam setiap kinerja ilmiah akademis. Karena sebagai Universitas Riset, kemampuan penelitian menjadi kualifikasi utama dalam setiap penampilan.
Dengan berbasis riset, diharapkan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dapat memiliki daya tarik bagi mahasiswa terutama bagi mahasiswa tingkat magister dan doktor dari berbagai penjuru dunia sehingga tercipta academic,social cultural exchange yang pada gilirannya membentuk intelectual community dan learning society dengan berkemampuan riset dan analisis yang dapat diterapkan dalam berbagai bidang profesional dalam spectrum yang lebih luas dan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta siap go internasional dan menjadi Universitas International dan menjadi Jendela Keunggulan Akademis Islam Indonesia (Window of Academic Excellence of Islam in Indonesia) seperti yang diharapkan oleh tokoh-tokoh pejuang pendidikan Islam. (*)
