ADIA menjadi IAIN cabang Jakarta dengan dua fakultas yaitu Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Adab dengan Prof.Dr.H. Mahmud Yunus sebagai Dekan Fakultas Tarbiyah dan Prof.H.Bustami A.Gani sebagai Dekan Fakultas Adab.
Setelah menjadi IAIN cabang Jakarta, mahasiswanya tidak lagi terdiri dari mahasiswa ikatan dinas (Pegawai tugas belajar) saja tetapi juga menerima mahasiswa bebas. Sehingga jumlah mahasiswa meningkat menjadi 282 orang.
Pada tahun 1962 berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI No 66 Tahun 1962 Tanggal l5 Nopember 1962 dibuka Fakultas Ushuluddin yang merupakan metamorfosis dari Jurusan Dakwah wal Irsyad (Jurusan Imam Tentara) dengan Dekannya Prof.HM.Toha Yahya Umar dan diresmikan oleh Menag RI KH. Syaifuddin Zuhri dengan kuliah pertama berlangsung di Masjid Al Azhar.
Seiring dengan dibukanya Fakultas Ushuluddin IAIN Cabang Jakarta kemudian berdiri sendiri menjadi IAIN al Jamiah al Hukumiyah Syarif Hidayatullah Jakarta.
Dalam Putusan Pemerintah No II Tahun 1960 disebutkan bahwa tujuan pembentukan IAIN adalah memberikan pengajaran tinggi dan menjadi pusat untuk mengembangkan dan memperdalam Ilmu penetahuan tentang agama Islam.
Diharapkan dengan mempertinggi taraf pendidikan dalam lapangan agama dan ilmu pengetahuan Islam berarti mempertinggi pula tarap kehidupan bangsa Indonesia dalam lapangan kerohanian dan intelektualisme. IAIN diharapkan menjadi lembaga social dan academic expertation.
Mengingat perkembangannya yang pesat dan berdasarkan Peraturan Pemerintah No 27 Tahun 1963 bahwa IAIN yang telah mempunyai tiga fakultas maka dianggap telah mampu untuk berdiri sendiri , maka dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 49 Tahun 1963 tanggal 25 Februari 1963 IAIN cabang Jakarta menjadi IAIN al Jamiah al Hukumiyyah Syarif Hidayatullah Jakarta.
Pelantikan Prof.Drs.H. Sunardjo sebagai Rektor IAIN Jakarta pada tahun 1963 juga mengukuhkan IAIN Jakarta menjadi Kooordinator Fakultas di Jakarta Raya, Jawa Barat dan Sumatera (Dalam perkembangannya, cabang-cabang IAIN Jakarta ini kemudian satu persatu berdiri sendiri menjadi IAIN maupun STAIN).
Pada Tahun 1988, dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Agama RI No. 15 Tahun 1988, IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta terdiri dari fakultas-fakultas: Tarbiyah, Adab, Ushuluddin, Syariah, Dakwah di Jakarta dan Fakultas Tarbiyah di Pontianak.
Dalam perkembangan Selanjutnya berdasarkan Keputusan Presiden RI No.11 tahun 1997 tentang Perubahan Status Fakultas Daerah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN), maka Fakultas Tarbiyah Pontianak berdiri sendiri sebagai STAIN Pontianak dan IAIN Jakarta tidak lagi mempunyai kelas jauh diluar kampus Ciputat.
