Pada tahun itu juga 12 Program Studi Sosial dan Eksakta (Teknik Informatika, Sistem Informasi, Akuntansi, Manajemen, Agribisnis (Sosial Ekonomi Pertanian) Psikologi, Bahasa dan Sastra Inggris, Ilmu Perpustakaan, Matematika, Kimia, Fisika dan Biologi mendapat Rekomendasi/Izin Operasional dari Dirjen Pendidikan Tinggi Depdiknas RI Nomor : 088796/MPN/2001 tanggal 22 Nopember 2001.
Pada tahun selanjutnya Rancangan Keppres tentang Perubahan Bentuk IAIN menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta mendapat Rekomendasi dan Pertimbangan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara RI dan Dirjen Anggaran Departemen Keuangan RI Nomor 02/M-PAN/I/2002 tanggal 9 Januari 2002 dan Nomor S-490/MK-2/2002 tanggal 14 Februari 2002, dan ini menjadi dasar bagi perubahan IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta resmi menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dengan terbitnya Keputusan Presiden RI No. 031 Tanggal 20 Mei 2002.
Keppres itu menjadi landasan legalitas formal perubahan IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta menjadi Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta.
Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta pada saat itu terdiri dari 9 fakultas yaitu: Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan, Fakultas Adab dan Humaniora, Fakultas Ushuludin dan Filsafat, Fakultas Syariah dan Hukum, Fakultas Dakwah dam Komunikasi, Fakultas Dirasat Islamiyah, Fakultas Psikologi, Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial, Fakultas Sains dan Teknologi, dengan jumlah jurusan/prodi sebanyak 41 dengan bidang studi ilmu-ilmu umum dan ilmu-ilmu agama.
Dengan perubahan ini UIN Syarif Hidayatullah Jakarta diharapkan dapat mendorong terjadinya integrasi keilmuan baik dalam bidang agama, kemanusiaan, keindonesiaan dengan tujuan menghasilkan lulusan yang memiliki wawasan integratif, adaptif, responsif dan inovatif terhadap pemikiran modern dan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi di era globalisasi dengan landasan iman, ilmu dan amal yang menjadi dasar pijakan dalam pengembangan ilmu-ilmu Islam, baik ilmu-ilmu Qur’aniyah maupun ilmu-ilmu Kauniyah.
Kerangka itu pula yang mendasari UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dalam pemberian gelar kesarjanaan sesuai dengan Keputusan Rektor IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta No. 16 Tahun 2002.
Dalam keputusan tersebut dinyatakan bahwa mahasiswa yang berhasil menyelesaikan studinya di Program S1, S2, S3 berhak mendapat gelar sesuai dengan program studinya.
Dengan demikian lulusan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta berada pada posisi yang sama dengan lulusan universitas-universitas negeri yang lain di Indonesia.
Sebagai Universitas Islam Negeri yang sejajar dengan Universitas Negeri lainnya di Indonesia, mulai Tahun akademik 2003/2004 dalam penerimaan mahasiswa baru disamping penerimaan secara lokal, UIN Syarif Hidayatullah juga masuk dalam SPMB (Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru) yang bertarap Nasional.
