Pada masa kepemimpinan Prof. Dr. Harun Nasution (1973-1984) IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta dikenal sebagai “Kampus Pembaharu”, karena beliau banyak mengadakan pembaharuan-pembaharuan dalam Pemikiran Islam dengan pemikiran-pemikirannya yang rasional, bahkan cenderung kontroversial (pada saat itu mengundang reaksi masyarakat).
Seperti masuknya mata kuliah filsafat dalam kurikulum IAIN Jakarta dan pengiriman dosen-doden IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta ke Barat.
Pada masa ini juga IAIN Jakarta menyelenggarakan Program Pascasarjana (PPs) pertama di lingkungan IAIN seluruh Indonesia.
IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta sebagai salah satu IAIN tertua di Indonesia, dan bertempat di Ibu kota Jakarta, juga menempati posisi unik dan strategis, tidak hanya sebagai “Jendela Islam di Indonesia”, tetapi juga simbol bagi kemajuan pembagunan nasional khususnya di bidang pembangunan keagamaan oleh karena itu IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta tidak pernah berhenti berkembang untuk menjadi lembaga pendidikan tinggi Islam yang terkemuka.
Langkah pengembangan ini mulai diintensifkan pada masa kepemimpinan Prof.Dr.Azyumardi Azra MA.Tahun1988 dengan konsep “IAIN with wider mandate” atau IAIN dengan mandat yang lebih luas menjadi dasar menuju terbentuknya Universitas Islam Negeri UIN Syarif Hidayatullah Jakarta .
Pada tahun akademik 1998/1999. dibuka jurusan Psikologi dan Matematika pada Fakultas Tarbiyah serta jurusan Ekonomi dan Perbankan Islam pada Fakultas Syariah
Tahun akademik 2000/2001 dibuka Program Studi Konversi IAIN menjadi UIN yang terdiri dari Program Studi Agribisnis (Sosial Ekonomi Pertanian), Sistem Informasi, Teknik Informatika, Manajemen dan Akuntansi.
Tahun Akademik 2001/2002 jumlah Fakultas bertambah dengan dibukanya Fakultas Psikologi (metamorfosis dari jurusan Psikologi pada Fakultas Tarbiyah) dan Fakultas Dirasah Islamiyah ( kelas khusus dengan sistem Al Azhar).
Pembukaan program studi baru tersebut, terutama program studi ilmu-ilmu umum merupakan langkah yang signifikan dan merupakan salah satu upaya menuju perubahan IAIN Jakarta menjadi universitas.
Upaya ini mendapat rekomendasi pada tahun 2001 dengan ditandatanganinya Surat Keputusan bersama antara Menteri Pendidikan Nasional RI Nomor 4/U/KB/2001 dan Menteri Agama RI Nomor 500/2001 tanggal 21 Nopember 2001 tentang perubahan IAIN menuju UIN.
