Di tingkat SMA, para santri dapat memilih jenjang pendidikan: Madrasah Aliyah (program studi IPS dan agama) dan SMA (program studi IPA).
Seiring berjalannya waktu, Darunnajah dengan keikhlasan dan cita-cita pendirinya terus berkembang, bahkan hingga saat ini Darunnajah telah memiliki 17 cabang dan 57 unit pengajaran yang tersebar di Sumatera, Tangerang, Bogor, Jakarta dan Serang.
2. Pondok Pesantren Sidogiri Pasuruan
Daftar pesantren terbaik di Indonesia selanjutnya adalah Pondok Pesantren Sidogiri Pasuruan. Pesantren ini merupakan salah satu lembaga Islam tertua di Indonesia.
Yang mana Sidogiri menekankan penyediaan teologi (keimanan), Syariah dan Akhlakul Karimah yang berbasis Ahlussunnah wal Jama’ah baik untuk Minhaju Al-Fikr maupun Minhaju al-Ijtima’.
Sidogiri telah hadir melahirkan ulama sejak abad ke-17, terutama nama-nama ulama besar seperti Syaikhona Cholil Bangkalan, guru Kyai dari tanah Jawa, merupakan salah satu ulama yang patut disegani.
Saat didirikan, pesantren di Sidogiri hanya menggunakan sistem pengajian langsung untuk kyai atau wali. Hanya selama K.H. Abdul Djalil mengawal, sejak 15 April 1938/14 Safar 1357, Pesantren Sidogiri resmi mendirikan sistem pendidikan Ma’hadiyyah dan Madrasiyyah.
Kini Sidogiri terkenal sebagai pesantren salaf yang maju dalam mengajarkan kitab kuning dengan metode al-Miftah, sebuah metode yang insya Allah santri muda pun bisa membaca kitab kuning satu per satu dengan cara yang cepat.
Pesantren ini juga terkenal dengan pengelolaan pesantren yang baik, serta sistem manajemennya menggunakan sistem ekonomi syariah sebagai koperasinya.
Sidogiri juga memiliki ratusan cabang madrasah (cabang) dan setiap tahunnya mengirimkan 500-700 guru dan da’i yang ditugaskan ke berbagai lokasi terpencil di seluruh Indonesia.
1. Pondok Pesantren Darussalam Gontor Ponorogo
Pesantren terbaik pertama di Indonesia yang akan kita bahas adalah Pondok Pesantren Darussalam Gontor. Tentunya tidak diragukan lagi, Gontor merupakan salah satu pesantren terbaik di Indonesia.
Model pengajarannya telah menjadi norma bagi ratusan pesantren modern di Indonesia. Selain itu, para alumninya telah menyebar ke berbagai benua dan banyak yang menjadi tokoh terkemuka di Indonesia.
Gontor sendiri didirikan pada tanggal 20 September 1926 oleh ketiga putra K.H. Santoso Anom Besari atau lebih dikenal dengan trimurti Gontor, tepatnya K.H. Ahmad Sahal, K.H. Zainudin Fananie dan K.H. Imam Zarkasyi.
