Secara resmi berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Khusus Ibukota Jakarta No. 148 tahun 1991, Pengelolaan Institut Kesenian Jakarta berada di bawah Yayasan Kesenian Jakarta sesuai Akte Notaris Koesbiono Sarmanhadi, SH. Nomor 69 tanggal 22 Agustus 1989.
Yayasan Kesenian Jakarta (YKJ) juga membantu pengelolaan PKJ-TIM. Di dalam koordinasi yayasan ini jumlah program studi dan jumlah mahasiswa, dosen dan karyawan meningkat,.
Institut Kesenian Jakarta saat itu memiliki dua Fakultas yaitu Fakultas Kesenian dan Fakultas Seni Rupa dan Desain. Fakultas Kesenian mencakup tiga Jurusan yaitu Jurusan Teater, Jurusan Musik, Jurusan Tari.
Fakultas Seni Rupa dan Desain mencakup dua Jurusan yaitu Seni Rupa dan Sinematografi. Tahun 1989 Jurusan Sinematografi menjadi Fakultas tersendiri yaitu Fakultas Film Televisi, Fakultas Kesenian berubah menjadi Fakultas Seni Pertunjukan, dan Fakultas Seni Rupa dan Desain berdiri sendiri dengan nama Fakultas Seni Rupa.
Pada tahun 2004, Prof. Sardono W. Kusumo diangkat sebagai rektor untuk masa jabatan 2004-2008, terpilih melalui sidang senat Institut Kesenian Jakarta.
Institut Kesenian Jakarta membentuk program studi baru: Penciptaan dan Pengkajian Seni Strata 2. Salah satu tujuannya untuk meningkatkan kualitas sumber daya manusia, juga mengejar persyaratan yang ditentukan Dikti tentang dosen yang harus lulusan S2.
Pada tahun 2009 dimulai kelas pertama Penciptaan dan Pengkajian Seni S2 di Institut Kesenian Jakarta, di bawah pimpinan Direktur Dr. Wagiono Sunarto, MSc. Program S2 yang kemudian menjadi Sekolah Pascasarjana Institut Kesenian Jakarta ini memilih “warna” atau karakteristik “Seni Urban dan Industri Budaya”, sesuai dengan Visi Misi Institut Kesenian Jakarta. Pada tanggal 8 Januari tahun 2009, melalui rapat senat, Dr. Wagiono Sunarto, MSc. secara aklamasi dipilih menjadi rektor selanjutnya, periode 2009-2013.
Tahun 2012 Gubernur DKI Jakarta Fauzi Bowo mendirikan Yayasan Seni Budaya Jakarta (YSBJ) khusus untuk Institut Kesenian Jakarta.
Yayasan Seni Budaya Jakarta didirikan dengan Akta Notaris R. Hendro N. Asmoro, SH. Nomor 9, tanggal 14 Februari 2012 dan Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor: AHU-139.AH.01.04.2012.
Pada tanggal 20 Mei 2013 berdasarkan Keputusan Gubernur Provinsi Daerah Khusus Ibukota Jakarta, Nomor 790 Tahun 2013, yang ditandatangani oleh Joko Widodo, pengelolaan Institut Kesenian Jakarta diserahkan kepada YSBJ.
Dengan susunan Pendiri serta Pembina Yayasan adalah Dr. H. Fauzi Bowo dan sebagai Ketua Yayasan ditunjuk Slamet Rahardjo Djarot yang saat itu menjabat sebagai Ketua Senat. Rapat Senat Institut Kesenian Jakarta tahun 2014 kemudian memilih Prof. Dr. Sapardi Djoko Damono untuk menjabat sebagai Ketua Senat Akademik.
