IAIN Susqa Pekanbaru ini mengambil tempat kuliah pada mulanya di bekas sekolah Cina di Jl. Cempaka, sekarang bernama Jl. Teratai, kemudian dipindahkan ke masjid Agung An-Nur. Lalu pada tahun 1973, barulah IAIN Susqa menempati kampus Jl. Pelajar (Jl. K.H. Ahmad Dahlan sekarang).
Bangunan pertama seluas 840 m2 yang terletak di atas tanah berukuran 3,65 Ha dibiayai sepenuhnya oleh Pemerintah Daerah dan diresmikan penggunaannya oleh Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Riau, Arifin Achmad, pada tanggal 19 Juni 1973.
Ketika didirikan, IAIN Susqa hanya terdiri atas tiga Fakultas, yaitu Fakultas Tarbiyah, Fakultas Syari’ah, dan Fakultas Ushuluddin.
Namun sejak tahun 1998, IAIN Susqa mengembangkan diri dengan membuka Fakultas Dakwah. Fakultas ini didirikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia No. 104 Tahun 1998 tanggal 24 Pebruari 1998. Fakultas ini pada mulanya berasal dari Jurusan Dakwah yang ada pada Fakultas Ushuluddin. Pada tahun 1997 telah berdiri pula Program Pascasarjana/PPs IAIN SUSQA Pekanbaru.
Keinginan untuk memperluas bidang kajian di IAIN Sulthan Syarif Qasim Pekanbaru muncul melalui Seminar Cendikiawan Muslim (1985), Seminar Budaya Kerja dalam Perspektif Islam (1987), dan dialog ulama serta cendikiawan se-Propinsi Riau.
Tiga tahun berturut-turut (1996, 1997, 1998) melahirkan rekomendasi: Agar IAIN Sulthan Syarif Qasim Pekanbaru membuka program studi baru (umum). Melalui keputusan rapat senat IAIN Susqa tanggal 9 September 1998 yang menetapkan perubahan status IAIN Susqa menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sultan Syarif Kasim Riau, maka dilakukan persiapan secara bertahap.
Mulai pada tahun akademik 1998/1999 telah dibuka beberapa program studi umum pada beberapa fakultas, seperti program studi Psikologi pada Fakultas Tarbiyah, program studi Manajemen dan Manajemen Perusahaan pada Fakultas Syari’ah, dan program studi Ilmu Komunikasi pada Fakultas Dakwah. Pada tahun akademik 1999/2000 IAIN Suska telah pula membuka Program Studi Teknik Informatika.
Satu tahun kemudian, tepatnya tahun akademik 2000/2001, dibuka pula Program Studi Teknik Industri. Kedua program studi terakhir ini untuk sementara ditempatkan di bawah administrasi Fakultas Dakwah.
Pada tahun akademik 2002/2003 program studi umum yang ada pada fakultas diatas dan ditambah beberapa program studi baru, ditingkatkan menjadi fakultas yang berdiri sendiri.
Fakultas-fakultas tersebut adalah Fakultas Sains dan Teknologi dengan Jurusan/Program Studi Teknik Informatika, Teknik Industri, Sistem Informasi, dan Matematika; Fakultas Psikologi dengan Jurusan/Program Studi Psikologi; Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial dengan Program Studi Manajemen, Akuntansi dan Manajemen Perusahaan Diploma III; dan Fakultas Peternakan dengan Program Studi Ilmu Ternak dengan konsentrasi Teknologi Produksi Ternak, Teknologi Hasil Ternak dan Teknologi Pakan dan Nutrisi.
Dengan demikian, pada tahun akademik 2002/2003, IAIN Susqa sebagai persiapan UIN Suska Riau telah mempunyai 8 fakultas, yaitu: Fakultas Tarbiyah, Fakultas Syari’ah, Fakultas Ushuluddin, Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi, Fakultas Sains dan Teknologi, Fakultas Psikologi, Fakultas Ekonomi, dan Fakultas Peternakan.
Peningkatan status IAIN menjadi UIN dimaksudkan untuk menghasilkan sarjana muslim yang mampu menguasai, mengembangkan, dan menerapkan ilmu ke-Islaman, ilmu pengetahuan dan teknologi secara intergral, sekaligus menghilangkan pandangan dikhotomi antara ilmu keislaman dan ilmu umum.
